Hennes tvillingsyster Sarra, som tävlar tillsammans med Eya, föll också i vattnet när båten kapsejsade under hård vind, men klarade sig.
Systrarna kom på 21:a plats i tvåmansjolleklassen 49er FX i Tokyo-OS i fjol.
"Jag är chockad över nyheten om Eya Guezguezs död", säger Thomas Bach, ordförande i Internationella olympiska kommittén, till IOK.s webbplats.