Det är 35 sekunder bättre än det tidigare rekordet som sattes av landsmannen Eliud Kipchoge i Berlin 2022.
– Jag är så glad, jag var inte förberedd på det här, men jag visste att det skulle komma, säger Kelvin Kiptum efter loppet.
Segern var 23-åringens tredje. I december vann han i Valencia och han var även överlägsen i London i april.
– Jag såg tiden framför mig och det kändes så bra inombords.