Neymar, som är kapten i Santos, tröstades av sina lagkamrater.
– Jag skäms jättemycket, jag har aldrig upplevt något liknande i hela mitt liv. Jag gråter av ilska, över allt. Det var en hemsk dag, det är sanningen, säger han.
Två av Vasco da Gamas mål gjordes av tidigare Liverpool- och Barcelonaspelaren Philippe Coutinho.
Direkt efter 0–6-förlusten fick tränaren Cleber Xavier sparken av Santos. Han har tränat laget sedan april.
Det brasilianska storlaget, där Pele också startade sin karriär, ligger på 15:e plats i ligan, två poäng från nedflyttning.
Neymar återvände till Santos tidigare i år efter en misslyckad sejour i al-Hilal. Kontraktet sträcker sig till slutet av säsongen.