Linus Siverholm stod för Vikingstads avgörande mål efter 87 minuter.
Matchen förblev jämn målmässigt till Vikingstad tog ledningen i 32:a minuten, genom Abraham Murad.
I den 40:e minuten blev Hägerstads Akram Sattar Jasim Hasan utvisad. Det dröjde till den 75:e minuten innan Kevin Gaines kvitterade för Hägerstad.
Det matchavgörande målet kom i matchens absoluta slutskede, med tre minuter kvar att spela, när Linus Siverholm slog till och gjorde 2-1 för Vikingstad.
Det här betyder att Vikingstad är i fortsatt serieledning, med 38 poäng efter 14 matcher, och Hägerstad på tionde plats med åtta poäng.
Nästa motstånd för Hägerstad är Mantorp. Lagen möts lördag 19 augusti 13.00 på Klämmestorps IP.