58-årige Andersson har befunnit sig i hemmakarantän sedan i slutet på förra veckan sedan en närstående familjemedlem testats positivt, och har lämnat över till den assisterande förbundskaptenen Peter Wettergren att leda landslaget i kvällens landskamp mot Danmark.
Andersson testades igen i går och i dag kom beskedet att testet var positivt.
"Janne mår förhållandevis bra, fortsätter att isolera sig hemma, men kommer inte att kunna ansluta till denna samling", kommenterar landslagsläkaren Anders Valentin till förbundets webbplats.
Efter Danmarksmatchen ska Sverige möta Kroatien i Solna på lördag och Frankrike i Paris på tisdag i de avslutande Nations League-matcherna. Andersson hade inte fått sitta på bänken på lördag även om han varit frisk, eftersom han är avstängd efter att ha fått två gula kort i tidigare Nations League-matcher. Så Wettergren var redan inställd på att leda laget i den avgörande matchen om Sverige ska få vara kvar i Nations Leagues högsta division.
Kvällens landskamp i Köpenhamn har föregåtts av coronakaos i det danska landslaget där en spelare bekräftats smittad och både förbundskaptenen och hans assisterande, tillsammans med totalt nio spelare isolerats. Samtliga svenska spelare har testats negativt.
Trots kritik är beslutet att matchen ska genomföras.
– Vi litar till 100 procent på vårt medicinska team. Men vi förstår att det finns åsikter om att den här matchen inte ska spelas, sade svenska lagkaptenen Gustav Svensson i går.
Janne Andersson är inte den enda svenska fotbollsprofilen som fått coronaviruset. Landslagsmittfältaren Albin Ekdal och den förre landslagsstjärnan Zlatan Ibrahimovic är två andra som smittats under coronapandemin.