2018 skrev regerande tyska mästaren ett femårigt sponsoravtal värt omkring 20 miljoner euro om året (nära 204 miljoner svenska kronor) med flygbolaget, och Qatar Airways logga syns på lagets tröjärmar.
Nu vill en supportergrupp att klubbens ordförande Herbert Hainer och vd:n Oliver Kahn avslutar samarbetet.
Anledningen är att VM-värdlandet anklagas för bristande mänskliga rättigheter och för att utsätta migrantarbetare för slavliknande arbetsförhållanden.
"Vi tvättar allting för pengar" har det stått på en banderoll på läktaren i Bayerns senaste hemmamatcher med en tillhörande tecknad bild på när Hainer och Kahn öser in pengar i en tvättmaskin.
– Vi önskar förebyggande åtgärder för att undvika en förnyelse av sponsorkontraktet, säger Michael Ott, talesperson för supportergruppen.
– Qatar är skyldiga till brott mot de mänskliga rättigheterna, och det finns tunga anklagelser om korruption.
Flygbolaget är även en av Fifas huvudsponsorer för fotbolls-VM i Qatar nästa år samt tröjsponsorer också för italienska Roma och argentinska Boca Juniors.