Det handlar om e-postmeddelanden som borde ha arkiverats för nära två år sedan säger myndigheten.
Det har rapporterats att flera personer i Donald Trumps stab använde icke-officiella mejlkonton under hans tid i Vita huset.
Enligt lagen är all korrespondens rörande presidentens förehavande offentlig och måste arkiveras, och det finns krav att mejl på privata konton kopieras eller vidarebefordras till officiella konton.
Riksarkivet säger att man har fått det mesta från Trump-administrationen, men att flera mejl fortfarande saknas.