Pojken skottskadades på torsdagen och har sedan dess vårdats på sjukhus. Hans liv gick dock inte att rädda "trots omfattande ansträngningar från vårdpersonalen", enligt sjukhuset.
Även treåringens far skadades vid händelsen. För AFP har fadern efteråt berättat att de satt i en bil för att besöka några familjemedlemmar när de plötsligt besköts.
I ett uttalande kort efter händelsen uppgav den israeliska armén att "angripare sköt i riktning mot samhället Neveh Tzuf" och att "soldater stationerade i närheten svarade genom att avfyra ett antal kulor". Detta resulterade i två skadade palestinier, varav en var treåringen, enligt armén som "beklagade att icke-stridande skadats".
Hittills i år har minst 156 palestinier och 21 israeler dödats inom ramen för den israelisk-palestinska konflikten, enligt AFP:s sammanställning.