Enligt åklagaren skedde våldtäkten i en fastighet på landsbygden i Kinda kommun vid 07-tiden på morgonen den 13 juni.
Mannen anhölls i sin frånvaro och kunde gripas strax efter midnatt den 14 juni.
På måndagen ställdes mannen inför häktningsdomaren i Linköpings tingsrätt. Under förhandlingen, som hölls bakom stängda dörrar, nekade mannen till brott. Tingsrätten kom dock fram till att han är på sannolika skäl misstänkt för våldtäkt. Enligt rätten finns det risk för att han på fri fot undanröjer bevis eller på annat sätt försvårar sakens utredning. Enligt domstolen finns det dock ingen beaktansvärd risk för att han återfaller i brottslighet.
Åtal ska vara väckt senast den 1 juli.