Olyckan skedde vid 01-tiden på väg 641 utanför Mönsterås.
Först fördes pojken till Kalmars sjukhus, men under onsdagsmorgonen meddelar polisen att han förts till Linköpings universitetssjukhus för sina skador.
Pojken var ensam i A-traktorn och anledningen till kollisionen är ännu inte känd.
– Vi vet i nuläget inte vad olyckan beror på, om det var hög hastighet eller annat, säger Thomas Söderberg, vakthavande befäl vid polisregion Syd.
Polisen har gjort en anmälan om vårdslöshet i trafik och tagit A-traktorn i beslag.
– Det är för att se om något är manipulerat eller inte fungerat som det ska, säger polisens presstalesperson Leif Fransson under onsdagsmorgonen.