Lagergren var vassast den inledande dagen och toppade på sju slag under par.
Under fredagen fick han se sig omkörd efter att ha skjutit 71 slag (–1).
Nykomlingen Jesper Svensson, som under hösten säkrade spelrättigheter på Europatouren, inledde nämligen den andra ronden i raketfart.
– Att leda känns fantastiskt. Vi är halvvägs igenom och jag är nöjd över att vara i en bra position, säger Svensson till tourens webbplats.
27-åringen gjorde fyra birdies på sina fem första hål, innan han lugnade ner sig något. Svensson kunde till sist signera för 67 slag, fem under par. Med det är han i ensam ledning i Johannesburg på totalt –9.
– Min putter var stekhet redan från start och jag rullade i några bra puttar.
Jesper Svensson fick sitt genombrott i maj när han vann Challenge Tour-tävlingen i Nederländerna.
En seger i Sydafrika skulle bli karriärens största framgång.
– Helgen kommer bli härlig och att gå ut i sista grupp på lördag kommer bli väldigt roligt, säger Svensson.